Egy 1288. évi oklevél a zebegényi bencés apátságnak Szob közelében, Almáson levő részbirtokáról tesz említést. A Zebegény-heggyel kapcsolatos birtokperben Sajghy Benedek pannonhalmi főapát 1752-ben igénye mellett azzal érvel, hogy a zebegényi bencés apátság romjai még láthatók. (Újabb kutatások alapján egyesek az apátságot Pécsvárad közelébe helyezik.) A zebegényi apáti címet az esztergomi érsek adományozza.

A település első lakói szlovák favágók. A XVIII. sz. folyamán Dél-Németországból jönnek telepesek. Lelkipásztorilag Nagymaros látja el őket. 1900 után Zebegény a Korona-uradalomhoz tartozik.

A vallásos kultusz legelső helye valószínűleg a Kálvária-hegy alján levő sziklabarlang volt, amelyben a hagyomány szerint remete lakott és az ő alkotása a barlang belső falán a Mária mennybevitelét ábrázoló dombormű. A hívek a barlang elé kápolnaszerű építményt emeltek. Az 1779. és 1813. évi nagymarosi vis. can.-ból arról értesülünk, hogy filiájának Zebegénynek temploma is van. Ezt feltehetőleg az új templom elkészültekor bontják le.

A mai, a táj panorámájába páratlanul simuló, műemlék jellegű templomot Kós Károly és Jánszky Béla tervezték erdélyi népi elemeket is felhasználva. A belső díszítés Körösfői Kriesch Aladár festőművész és tanítványai munkája. 1910. július 10.-én a község pap szülötte, dr. Koperniczky Ferenc kanonok, esztergomi szemináriumi rektor áldotta meg, aki kezdettől fogva fáradhatatlanul buzgólkodott létrejöttén. 1926-ban, amidőn nagyrészt az ő támogatásával elkészült a plébániaház is, az egyházi hatóság Zebegényt plébánia rangra emelte. A templomot 1958-ban és 1975-ben újították fel külsőleg. 1979-ben alakították ki az új liturgikus teret. A Kálvária-kápolnát 1854-ben Fischer Borbála építtette. A Nep. Szt. János kápolna az 1820-as évekből származik. Mai helyére útkorszerűsítés miatt 1965-ben helyezték át a patak mellől. Az újvölgyi nyaralótelepen közadakozásból épült 1944-ben Árpádházi Szt. Margit tiszteletére a kápolna.